وفق اعترافات عناصر تنظيم القاعدة فإن أيمن الظواهري كان شخصية غريبة الأطوار، متناقضة ومترددة ولديه نزعات عنف وانتقام متسرعة دون التحقق من صحة ما يقال له، وكان يفقد تماسكه وثباته عند ممارسة ضغوط عليه، وهو ما دفعه للاعتراف على زملائه وأقربهما إليه، وهما عصام القمري، الضابط المفصول من الجيش المصري وعبود الزمر الضابط السابق أيضاً.
كشفت مضبوطات أيمن الظواهري التي عثرت عليها أجهزة الأمن خلال عملية القبض عليه تفاصيل حول ثقافته وأفكاره وعلاقاته المتشعبة مع عناصر التنظيم، وفي محضر الاطلاع الذي تحرر يوم 24 فيفري من عام 1982 واطلعت عليه نيابة أمن الدولة العليا المصرية عثرت أجهزة الأمن على صندوق كبير في منزل الظواهري لحظة القبض عليه، كانت تحتوي على أعداد كبيرة من مجلة الدعوة التي تصدرها جماعة الإخوان وأعداد أخرى من المجلة العسكرية السوفيتية التي كانت تصدر في موسكو وتتضمن مقالات حول أحدث الأسلحة والذخائر والتدريبات القتالية وحروب العصابات، كما عثر على كتاب معنون باسم “الأعلام بقواعد الإسلام” ويناقش موضوعات الكفر والتكفير وكتاب بعنوان “في التاريخ فكرة ومنهاج” لسيد قطب القيادي في جماعة الإخوان وكتاب آخر بعنوان صوت الحق وآخر بعنوان “جنود الدعوة”.
كما كشفت المضبوطات أيضاً علاقة الظواهري منذ ريعان شبابه بالتدريبات العسكرية حيث عثر بحوزته على مذكرة محررة بخط اليد بعنوان “التكتيك على مستوى كتائب المشاة” وتضمنت تفاصيل ومعلومات عسكرية حول دور “كتائب المشاة” في المعارك الدفاعية وفي الهجوم وسير المعارك والمعونة الإدارية لها.
